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為達到污水中污染物質降解的目的，遴選、培養、組合針對污水特別降解能力的微生物菌形成菌群，成為專門的污水處理菌種，是污水處理技術中的幾種方式之一。
污水處理菌種源自于大自然，大量的多種類的污水菌種通過人工在實驗試篩選出優質的菌種，然后經過一系列的馴化，培養而得到了耐鹽，耐沖擊，穩定性強的污水處理菌種。菌種擔任修復生活，生產已經河道的有機物污染的使命，符合無毒、無公害、無二次污染、對人體無害的原則。能有效去除氨氮、BOD、COD、SS、硝酸根、硫酸根、色度、臭味、毒性物質、化合污染物等，通過污水處理工藝中前端的預處理，然后經過生化厭氧，好氧階段，從而能夠有效的降解水中的污染物。
硝化細菌
硝化細菌 是一種好氧性細菌，污水處理工藝中主要存在與好氧池子或接觸氧化池中，池子中會增加曝氣設備為消耗細菌提供足夠的氧，以便在進行硝化去除氨氮(NH3-N)的過程中獲得電子，硝化細菌降廢水中的氨氮轉化成亞硝酸鹽氮再轉化成硝酸鹽，在一定程度上并可與反硝化菌群形成原始合作關系。
反硝化細菌
反硝化細菌主要在缺氧水中溶解氧低于0.5mg/L，PH在6-9之間的環境下，對好氧池回流過來的混合液進行脫氮作用。廢水中的總氮高與缺氧池中微生物不足有一定的聯系，同時，也與污水中的碳源有關聯，在進行反硝化過程中反硝化細菌所利用的碳源還原劑獲得電子。反硝化細菌多為異養、兼性厭氧細菌，如反硝化桿菌、斯氏桿菌、螢氣極毛桿菌等。它們在氙氣條件下，利用硝酸中的氧，氧化有機物質而獲得自身生命活動所需的能量。
COD降解菌種
COD降解菌（COD-degrading bacteria)主要應用于污水生化池降解COD指標使用。主要降解廢水中的COD，改善水質色度、增大污泥絮體顆粒、調整污泥絮體結構，抑制藻類生長繁。污水生化池當有機物濃度過高或者生化池池子溶解比較小是，高負荷污水流入容易對生化池中的微生物造成沖擊。對于經過預處理后污水的高濃度COD指標，在生化池培養菌種過程中可適當投加一些COD降解菌種，能有效的去除COD指標，同時也能更好的穩定生化系統。
